一、次氯酸钠发生器和二氧化氯发生器的工作原理不同，次氯酸钠发生器是电解盐的一种物理化学反应（理化反应），电解电极阳极采用铱钌涂层的钛合金材料，阴极采用钛合金，通过高频直流电源电解，在阳极生成氢氧化钠和氯，氢气化钠和氯+水二次反应生成次氯酸钠，氢气排出，次氯酸钠溶液流到储药箱，这一过程不单单是电解过程，还融合了化学的反应。二氧化氯是盐酸和氯酸钠在一定温度下反应生成的二氧化氯，是一种化学反应。简单来说：原材料不同，次氯酸钠发器只需要盐，而二氧化氯发生器是要采用盐酸和氯酸钠（都是危险品，不易管理）。
二、次氯酸钠发生器和二氧化氯发生器的生成物二氧化氯和次氯酸钠性质不同，二氧化氯是一种气体，可溶于水，其氧化性是次氯酸钠的20-30倍，但，二氧化氯溶于水后的浓度是很低的。次氯酸钠以离子状态存于水种，故为次氯酸钠溶液，常规浓度有8%，10%，由电解法产生的浓度仅有6000-8000ppm(不足1%)。同是它们都属于强氧化剂，且次氯酸钠呈弱碱性，常常用来漂白、改变酸性水质等。
三、次氯酸钠发生器和二氧化氯发生器同等杀菌效果的设备，次氯酸钠的制造成本远远高于二氧化氯发生器。次氯酸钠发生器对电解电源、电极组有很高的要求。采用劣质的不锈钢电极和纯钛电极，使用寿命短、且效率低，既费电又浪费盐。二氧化氯的组成和要求相比简单。主要是由计量泵、反应槽、加热系统完成，且对反应槽要求也不是特别高。
四、使用、维护、加药量控制不同，次氯酸钠发生器产生的次氯酸钠主要是浓度稳定的液体，加药量只需要用计量泵就可以单独的控制。且加药和制药两个模块分开控制，互不影响，二氧化氯是气态，不能储存，易于泄漏，且加药量很难控制。停机后仍了余料产生二氧化氯，这样会造成加药间内金属设备腐蚀，严重的不足一年就有损坏。这也是很多客户愿意花高价格采购次氯酸钠发生器也不愿用二氧化氯发生器的原因。除此，一旦设备故障，次氯酸钠发生器不会造成太大的负面效果，人可以直接进行设备维修。而二氧化氯发生器如果发生故障，盐酸泄漏，那么整个房间是没有人敢进去维修的，只有散尽酸雾才能进人，贸然去修甚至会给人的生命健康带来危险。
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